Un nou test ereditar poate determina dacă o genă care determină cancerul a fost moștenită de la tatăl sau mama unui pacient fără a fi nevoie de ADN-ul parental, îmbunătățind potențial screening-ul și gestionarea bolii.
„Prezența amprentelor parentale în regiunile genomului este cunoscută de mult timp”, a declarat pentru Medscape Medical News autorul studiului Peter Lansdorp, MD, PhD, al BC Cancer Research Center din Vancouver, Canada.
În plus, capacitatea unei anumite tehnologii de secvențiere (Strand-seq) de a genera un set de variante de ADN care tind să fie moștenite împreună de la un singur părinte a fost documentată în mai multe studii.
„Că aceste două piese pot fi puse împreună pentru a atribui mutaţiile unui pacient unuia dintre părinți fără a studia ADN-ul părinților este un progres major”, a spus Lansdorp.
„Pentru a dirija testarea genetică în cascadă, testul ar putea fi folosit aproape imediat, chiar și ca test de cercetare, concentrează eforturile de testare genetică familială și este validat intern de varianta pacientului și ulterior confirmat prin testarea clinică în familie.” a explicat autorul principal al studiului Steven J.M. Jones, PhD, director asociat de bioinformatică la BC Cancer Research Center.
Dirijarea testelor genetice în cascadă către o parte a familiei față de cealaltă ar putea accelera timpul până la diagnosticarea mai multor purtători și ar permite o utilizare mai eficientă a resurselor de consiliere genetică, a adăugat Jones, mai ales atunci când părinții sunt decedați sau nu sunt disponibili.
Studiul a fost publicat online pe 21 decembrie în Cell Genomics.
Determinarea unui părinte de origine (PofO) pentru variantele ereditare „este esențială pentru a evalua riscul de boală atunci când o variantă patogenă are efecte PofO, adică atunci când riscul de boală al pacientului depinde de la ce părinte este moștenit”, scriu autorii.
Un exemplu este sindromul paragangliom-feocromocitom ereditar ca urmare a variantelor patogene ale genelor SDHD sau SDHAF2. Persoanele cu acest sindrom prezintă un risc ridicat de a dezvolta anumite tipuri de cancer, dar numai dacă o genă defectuoasă este moștenită de la tatăl lor. Dacă sunt moștenite de la mama lor, nu există risc crescut.
Noua metodă se bazează pe o tehnică numită „metilare fazată a ADN-ului” la locul genelor imprimate matern și patern, precum și pe fazarea lungimii cromozomilor a secvențelor ADN.
Echipa a folosit cinci „triouri” cu genom uman – doi părinți și proband (prima persoană dintr-o familie care a primit teste genetice sau consiliere pentru un risc ereditar suspectat) – pentru a pilota abordarea. Ei au arătat că metoda poate identifica corect PofO cu o rată medie de eroare de nepotrivire de 0,31% pentru variantele cu o singură nucleotidă și 1,89% pentru inserții sau deleții.
„Va trebui să validăm această tehnologie pentru diferite gene din eșantioane din lumea reală de la indivizi din diverse medii”, a spus Jones.
Primul pas este validarea tehnologiei în scenarii cu utilitate clinică imediată, cum ar fi SDHD, în care tratamentul medical pe tot parcursul vieții este afectat de cunoașterea dacă varianta a fost moștenită de la mamă sau de la tată.
„Ne-am dori, de asemenea, să validăm rapid acest lucru pentru genele comune ale cancerului ereditar, cum ar fi genele asociate cu sindromul BRCA1, BRCA2 și Lynch, unde predicția PofO poate îmbunătăți ratele scăzute de testare genetică la membrii familiei, oferind estimări mai precise ale riscului acestora de a purta varianta din familie”.
Provocările pentru mutarea testului la clinică, a spus Jones, includ extinderea tehnologiei, demonstrarea utilității clinice și economice în comparație cu abordările existente de testare și familiarizarea clinicienilor cu un nou tip de test care va oferi în mod obișnuit această dimensiune suplimentară a informațiilor.
Patologul Stephen Yip, MD, PhD, de la Vancouver Coastal Health Research Institute din Canada, a comentat studiul pentru Medscape. Yip nu a fost implicat în studiu, dar a dezvăluit că colaborează cu autorii la alte proiecte finanțate prin granturi.
„Aceasta este o tehnologie extrem de promițătoare, care are implicații practice imediate în investigarea PofO a unui locus patogen, în special atunci când materialul genetic este disponibil doar de la proband”, a spus el.
Cu toate acestea, „este necesară o validare riguroasă față de standardul actual al citirii scurte, secvențierea de generație următoare a triourilor înainte de implementarea clinică”, a spus el.
„Acest lucru va necesita timp și efort, cu toate acestea, promisiunea acestei tehnologii merită efortul. De asemenea, există posibilitatea de a descoperi noi date genetice în timpul testării, ceea ce ar putea prezenta o dilemă etică. Un cadru solid de consimțământ și etic și implicarea timpurie a unui specialist în etică ar fi de ajutor”. a menționat el.
Cercetarea din laboratorul Lansdorp este finanțată de Institutul de Cercetare Terry Fox, de Institutul Canadian de Cercetare în Sănătate, de Fundația Canadiană pentru Inovare și de guvernul Columbia Britanică.
Articol de Răzvan Lupu
